創建は古く、雄略天皇2年（458）と伝えられる。太田道灌が再興、徳川家康は江戸入りの際、神領5石を寄進している。菅原道真公を祀るこの神社は、学問の神様として別名湯島天神としても広く知られている。境内には銅製の鳥居や、迷子探しの奇縁氷人石がある。

江戸時代には谷中感王寺（天王寺）、目黒不動と並び3富と呼ばれ、幕府公認の富くじ（富突き）を発行した。泉鏡花作の新派の名作『婦系図』の舞台としても有名で、新派の記念碑や鏡花の筆塚もある。